Me refiero a si es recomendable o no desde un punto de vista teórico...
Desde un punto de vista teorico, si teoricamente el sistema live de ese pendrive se ha cargado completamente en la RAM y el equipo no está leyendo/escribiendo desde/a ese pendrive, podrías extraerlo sin cargartelo.
De hecho puedes tratar de extraerlo desde el sistema que esté corriendo, mira a ver que te dice cuando cliques en "expulsar".
Pero ¿que necesidad hay de hacer tal cosa ? Yo no lo haría, a no ser que me sobren pendrives y tiempo para crearlos.
Saludos.