Hay retrocompatibilidad.

No tienes porque comprar una placa base especificamente con puerto PCI-e 3.0 si o si. De hecho cuando montas una placa base con PCI-e 3.0 puedes poner perfectamente una tarjeta gráfica 2.0, si colocas un Sandy Bridge que por ejemplo te soportará 2.0, la diferencia no es considerable, nada del otro mundo ni mucho menos, mas bien poca y eso está comentado en el foro. Menos con esa gráfica que dices, no vas a necesitar ocupar todo lo que da u ofrece el PCI-e 3.0 pero ni de coña. Si hablaramos de configuraciones Multi-GPU tochas o gráficas bien potentes, todavia, sería otra cosa.

En el caso de ser PCI-e 1.0 se han visto algun problemilla en segun que placas con algunas gráficas, pero también tienes muchos casos de que no hay ningun problema.

La gráfica esa la puedes poner en un PCI-e 1.1, también te lo digo porque un amigo la tiene así . La diferencia no será abismal como piensas.
-----

Procesador: i7-3960X

Tarjeta gráfica: HD 7970

Placa base: Asus Maximus IV Gene










Saludos