si

la cosa es reinstalar el sistema operativo y dejar claro como va todo...

en linux al instalar le indicas que /boot y / estarán en el ssd para que tengan más velocidad, mientras que /home en el hdd para que no te gaste tanto el ssd y puedas formatear sin afectar tus archivos

si usas cualquier otro sistema operativo puedes hacer algo similar, para que siempre tus archivos estén fuera del area formateada