Si no puedes modificar el payload, toca jugar con ofuscación y empacado.

Crypters y Packers

Usa herramientas como Themida, Enigma Protector o UPX modificado. Evita las versiones gratuitas porque casi todos los AV ya las detectan.
Si quieres algo más avanzado, combina un packer con cifrado AES en el payload antes de soltarlo en memoria.
Modifica el stub para cargar el payload en memoria (process hollowing o shellcode injection). Usa sRDI o crea el tuyo propio en C++.
Compila el payload en .NET y pásalo por ConfuserEx o en C# con variables dinámicas. Si usas scripts en Python, empaquétalos con PyInstaller y luego modifícalo.
Comprime el archivo en formato RAR con contraseña para evitar análisis automático.

Si no puedes hacer nada de esto por ti mismo, mejor vuelve al nivel básico antes de meterte en temas serios. Los antivirus de hoy no son tontos y los payloads genéricos son carne de cañón.