En la web del autor (http://fspro.net/hide-folders/) veo que no toca la estructura del sistema de archivos, por lo que lo que habria que hacer es escalar privilegios a system, matar el driver que este usando (es lo mas probable) y tomar ownership de los archivos/directorios que sean.

PD: Una opcion graciosa (e interesante) que veo en la web, es que el proggie permite el acceso a programas especificos (por ej. antivirus). Si hay algun AV instalado, habria que probar si haciendo un .exe que tenga el mismo nombre que el AV, se puede acceder... 

Saludos!