...es tan facil una pagina una paginaa ... que era algo como un programa
No, no es tan fácil. La criptografía es compleja, pero las bases son sencillas.
Esa página web, al y al cabo hace lo mismo que un programa, es decir ejecutar código. Que tengas una interfaz en un programa en tu equipo, no difiere (a efectos dle resultado) en nada a que la interfaz yazca en unaalojada online.
...que poca gente sabe...
En realidad suele ser así, si consideras la gente que hay en el mundo y la gente que sabe programar y dentro de estos la restricción de los que se dedican a la criptografía.
o que al menos habria mas tipos de lenguajes en criptografia o algo asi
No existe ningún lenguaje de criptografía. La criptografía es una codificación, luego cualquier lenguaje (de programación) está capacitado para tratar con criptografía.
Oye y como se descifra un mensaje? osea algun programa o como?
Como ya te han dicho, se debe investigar un poco sobre el mensaje, el contexto donde aparece y su origen...
En ese caso concreto, se observa que solo tiene letras y hay espacios tal que parece que las palabras siguen conservando su tamaño, luego es fácil intuir que se trata de un cifrado César...
El cifrado César, remplaza cada carácter por otro x posiciones más adelante en el alfabeto.
Rot13, es un caso particular del cifrado César, dado que se usan 26 caracteres, si la 'a' la cifras por la que está 13 letras más adelante, tienes que es la 'n', ... si más tarde cifras de nuevo con Rot13, el resultado cifrado previo, resulta que al cifrar esa 'n' (que venía cifrado de la 'a'), resulta que ahora la que está 13 caracteres más adelante, y por tanto la letra por la que se cifrará ahora la 'n', es la 'a'... por lo que aplicar 2 veces Rot13, es lo mismo que descifrar el mensaje, pués 13*2=26 (el alfabeto (a la hora de cifrarlo) se trata como si fuera circular, tras la 'z' le sigue la 'a', lo que en cálculos matemáticos equivale al resto de una división y que en programación es la archiconocida aritmética modular (operación módulo)).
Si te intresa el tema, y no es meramente una interés puntual hay mucha info, te sugiero iniciarte leyendo la wikipedia y luego si no te aburre, adquiere algún libro sobre el tema...