Nunca me han gustado las botnets, por la misma razon por la que no me gustan los gusanos o los crackeos por fuerza bruta: Es una filosofia de "a mas mejor", y personalmente creo que va contra lo que yo considero hacking (que tiene mucho mas que ver con la atencion a los detalles y la precision).

Ademas, siempre me han parecido un suicidio legal: no creo que alguien que llega a controlar miles de pcs pueda esconderlo, y mucho menos alguien que los usa para tumbar una web a lo burro o cosas asi, cosa que no muestra mucha inteligencia.

No obstante, dicho esto, si que me interesaria mucho aprender sobre ellos. Knowledge is power y tal... mientras no sea un tutorial paso a paso y noob friendly no creo que haya daño en informar.

A ver A ver ...
Se fue para cualquier lado esto, no creo que armes una "supercomputadora" con 10 computadoras, leete este link http://es.wikipedia.org/wiki/Middleware primero que nada asi "sabes" mas o menos de lo que estas hablando segundo estaria bueno que plantees tu duda en otro post en el subforo correspondiente.
Con el tema de la botnet el unico arte que comprende es la programacion, NADA MÁS, es un negocio como dijeron varias veces mas arriba, el unico fin que quieren obtener la mayoria de los "dueños" es un fin economico. Me encantaria desarrollar codigos/algoritmos para crear una botnet (que no tiene que ser utilizada) aunque convengamos que con la cantidad de vulnerabilidades que saltan por dia no seria tan dificil hacerse 2 mil o 3 mil maquinas de un solo golpe (hablando de windows y os x claro esta). Lo importante de una botnet es la facil administracion es decir que se sincronisen en cierto punto a tal hora en tal lugar, ¿formas de contagio? FACIL ... conseguir rangos de ip's, parsearlas y de ahi buscar maquinas vulnerables a X servicio en N puerto, infectar & ejecutar el payload para mantener acceso, guardar en una db la direccion ip  y servicio explotado,  quedarte solamente con lo que necesitas ... muchos seguramente recuerden el bug en windows (ms08_067) que permitia ejecucion de codigo remoto, ahi les puedo asegurar que se consiguieron unas cuantas maquinas zombies. Creo que es una forma muy resumida de explicar lo que tiene que hacer una botnet, por si esa era la duda principal ... ¿tema cerrado?