Notepad++ es buena alternativa gráfica, según probé con mi Rockyou.txt me llegó a consumir unos 450MB de Ram, la apertura y navegación consume algo de CPU y se puede decir que es aceptable, bastaría con presionar Ctrl + G para ir a la línea 1000001 y con ctrl + shift + inicio seleccionar todo lo de arriba, eliminar y guardar.
Los comandos de Linux siempre son bastante útiles para estos casos, por ejemplo está:
tail +1000001 rockyou.txt > nuevo.txt
El LTFViewer lo probé y es muy eficiente su consumo de CPU y Ram es muy bajo, también se puede ir a la línea 1000001 pero de ahí no encontré manera de seleccionar de ahí al inicio o de ahí al final, así que no he podido completar el trabajo