Si estás usando Gnome o KDE me parece que ellos tienen metodos propios para establecer shortcuts de teclado para idiomas. Por ejemplo, cuando estaba en Gnome 3.0 usaba Shift+Barra Espaciadora. Por lo que te toca darle un vistazo a la configuracion de teclado de tu DE. Para Gnome:
Open the Activities overview and start typing Keyboard.
Click on Keyboard to open the panel.
Select the Shortcuts tab.
Select a category in the left pane, and the row for the desired action on the right. The current shortcut definition will change to New accelerator…
Hold down the desired key combination, or press Backspace to clear.
https://help.gnome.org/users/gnome-help/stable/keyboard-shortcuts-set.html.enSi estás usando XKB entonces debes buscar xkboptions dentro de tu archivo xorg.conf o en alguno de tus archivos en:
/etc/X11/xorg.conf.d/
Por ejemplo, yo tengo la configuracion del teclado en 00-keyboard.conf dentro de xorg.conf.d:
Section "InputClass"
Identifier "system-keyboard"
MatchIsKeyboard "on"
Option "XkbLayout" "us,latam"
Option "XkbModel" "pc104"
Option "XkbVariant" ","
Option "XkbOptions" "grp:alt_shift_toggle"
EndSection
Y al momento de darle alt+shift me cambia el lenguaje al siguiente. Me imagino que esto puede ser lo que te jode.
En debian (y creo ubuntu) tambien hay un archivo en:
/etc/default/keyboard
XKBMODEL="pc105"
XKBLAYOUT="us,de,fr,ua,ru"
XKBVARIANT=""
XKBOPTIONS="grp:alt_shift_toggle"
Aqui, como reconfigurar con estas opciones:
https://wiki.debian.org/KeyboardPuedes poner:
setxkbmap -layout es -variant intl
Para establecer el layout por la session.
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