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de vez en cuando, cuando cambio de ventana o aprieto no se bien si [ Shift ] o [ Alt ] o no sé, se me cambia la configuracion del teclado y al apretar [Shift ] + [ 2 ] envez de hacer el " hace @, pierto todos los acentos, y la verdad me esta volviendo loko.

para volverlo a su configuracion normal tengo que ir al iconito del area de notificaciones y clickear el idioma "Español (teclas windows" que es el unico que tengo en esa lista.

antes, cuando usaba Windows en la conf del teclado tenia "Español internacional" o algo así.

como tengo que hacer para que no se me cambie solo el metodo de entrada del teclado?

Ubuntu 14.10 x64

Si estás usando Gnome o KDE me parece que ellos tienen metodos propios para establecer shortcuts de teclado para idiomas. Por ejemplo, cuando estaba en Gnome 3.0 usaba Shift+Barra Espaciadora. Por lo que te toca darle un vistazo a la configuracion de teclado de tu DE. Para Gnome:

Open the Activities overview and start typing Keyboard.
Click on Keyboard to open the panel.
Select the Shortcuts tab.
Select a category in the left pane, and the row for the desired action on the right. The current shortcut definition will change to New accelerator…
Hold down the desired key combination, or press Backspace to clear.

https://help.gnome.org/users/gnome-help/stable/keyboard-shortcuts-set.html.en

Si estás usando XKB entonces debes buscar xkboptions dentro de tu archivo xorg.conf o en alguno de tus archivos en:

/etc/X11/xorg.conf.d/

Por ejemplo, yo tengo la configuracion del teclado en 00-keyboard.conf dentro de xorg.conf.d:

Section "InputClass"
        Identifier "system-keyboard"
        MatchIsKeyboard "on"
        Option "XkbLayout" "us,latam"
        Option "XkbModel" "pc104"
        Option "XkbVariant" ","
        Option "XkbOptions" "grp:alt_shift_toggle"
EndSection

Y al momento de darle alt+shift me cambia el lenguaje al siguiente. Me imagino que esto puede ser lo que te jode.

En debian (y creo ubuntu) tambien hay un archivo en:

/etc/default/keyboard

XKBMODEL="pc105"
XKBLAYOUT="us,de,fr,ua,ru"
XKBVARIANT=""
XKBOPTIONS="grp:alt_shift_toggle"

Aqui, como reconfigurar con estas opciones:

https://wiki.debian.org/Keyboard

Puedes poner:

setxkbmap -layout es -variant intl

Para establecer el layout por la session.