Creo que lo mejor que puedes hacer es revisar los logs de apt y hacerles purge. Aún así no hay ninguna garantía que vuelvas a las versiones "originales" (me imagino que los paquetes que viene cuando haces la instalacion desde el .iso), porque si es como Debian stable entonces los repos pueden ser bastante diferentes de sus RCs.

Pues basicamente revisas los logs en


o


Y vas removiendo los paquetes que aparecen ahí con purge. Aúnque si ya has hecho varios upgrades yo te recomendaria que mejor reinstalarás.