Bueno, como verás en los sistemas Unix las interfaces gráficas están administradas y son posibles gracias al X Window System, el estandar X es referido de esta forma ya que permite mostrar información gráfica independientemente del Sistema Operativo. este sistema está basado en un sistema Cliente-servidor, en donde el servidor es el encargado de proveer al protocolo X de la comunicación entre periféricos, es por esto que es conocido también con el nombre de Xserver. el archivo xorg.conf es generado automáticamente cuando se detectan los dispositivos y la forma de comunicación gráfica que posee el sistema. Este archivo describe la forma en que se debe comportar Xorg, que en este caso y remitiendome a lo que explique antes hace las veces de Xserver.

Lo que hiciste en el archivo fue desabilitar "AIGLX" que es una forma de aceleración directa para OpenGL.

Espero sea entendible
Saludos!

sudo /etc/init.d/gdm restart 

sudo /etc/init.d/kdm restart