Uy viejo tu problema me suena a sectores defectuosos, intenta hacer backups de tus archivos con un cd live y sin dudarlo has formateo de tu equipo, desde cero, es lo mejor, no uses formateo rapido, reubica y reorganiza los sectores defectuosos con un formateo completo, y reinstala windows y ubuntu.
Si tu problema vuelve a suceder, confirmado, es a nivel hardware, y es peor de lo que piensas, puede ser magnetizacion de tus archivos, o peor, sectores jodidos en el disco y defectos en el bus de datos del disco (no estoy seguro si se le puede llamar asi, pero has de cuenta que el problema esta en el chip), asi que yo que tu lo que hago es algo aun mas radical: formateo de bajo nivel, un procedimiento aun mas avanzado de formateo que te aisla los sectores dañados y restringe el acceso a sectores que tengan tendencia a degenerarse, lo que reduce el espacio de tu disco pero garantiza que esos sectores no fallaran, pues han sido señalados por el laser del disco como inservibles y no se volveran a usar.
Lo que yo haria realmente es el formateo de bajo nivel, pero es algo muy delicado, este tipo de formateo no permite recuperar archivos luego, pues es comparable con el formateo de fabrica, deja totalmente limpio el disco, absoluto, y si falla, lo interrumpes o se cae la corriente, te jodiste, el disco muere con un 100% de seguridad, debes estar seguro de lo que haces, solo en casos que lo necesites de verdad, y este parece ser un caso de necesidad urgente.
Esta es solo una solucion, absoluta, hay otras formas, como un dist-upgrade y restauracion de sistema, pero no me parece que sean los mejores esta vez, me parece que el problema es nivel hardware.
Sabes que errores te marcaba windows??
Si estas interesado en el formateo de bajo nivel puedes consultar sobre hirens boot y este enlace:
http://www.letheonline.net/lowlevel.htm