hola ekanober, torbundle contiene tanto el proxy como el navegador necesario, no debes ejecutar sobre el vidalia. (es más, si consultas con nmap localhost por ejemplo, te saldrá habilitado torsocks en puerto 9050/9150) puedes por comodidad renombrar el archivo start-tor-browser a simplemente start o bien crear un enlace simbólico con otro nombre, y ubicada en el escritorio, etc

el mismo navegador ya viene sin complementos como flash o javascript, navegación de forma privada etc,  por lo cual por defecto es más seguro que utilizar otro navegador... igualmente si quieres utilizar vidalia y algún plugin como torbutton (creo que sigue disponible) puedes crearte perfiles de usuario en el navegador para ello.

otra opción es navegar "torificando" la conexión http por terminal, por ejemplo
saludos

desde el nautilus botón derecho y "crear enlace" para hacer un acceso directo a la aplicación, luego puedes moverlo al escritorio, renombrarlo etc.

para el menú tienes dos formas, desde la terminal creando un archivo llamado por ejemplo "tor" con el path y propiedades del mismo con  

o bien de forma gráfica desde el menú, haciendo botón derecho en "aplicaciones" elijes "editar menú" y en la ventana emergente elijes "aplicacion" luego en nombre pones "tor" por ejemplo e inmediatamente abajo el comando que lo ejecutaría con su path completo, como

elijes si quieres un ícono, y listo. saludos

no es molestia, nadie nace sabiendo XD te explico la forma de agregar la aplicación en el menú para gnome2 (o el modo clásico, barra de menu superior... si tienes en cambio gnome3 ve a opcion2 XD)

opcion1:gnome2

- en la barra superior te aparece "aplicaciones    lugares"  bien?  haces boton derecho sobre "aplicaciones" y se abre una ventana emergente "menu principal" haces click en "internet" (a la derecha te figuran las aplicaciones asociadas a ese apartado, empathy, firefox etc etc)

- luego ya hacia el extremo derecho tienes un botón llamado "elemento nuevo" clickeas en él

- se abre otra ventana emergente llamada "crear lanzador" ahí te aseguras de tener la opción "aplicación"

- elijes un nombre para el lanzador del menú, por ejemplo "tor borwser" en "nombre"

-en "comando" escribes el path hacia tu ejecutable, ejemplo "/home/ekanober/tor/start-tor-browser"
 (bueno nunca me acuerdo realmente la carpeta que genera al descomprimirlo... siemrpe la renombro a tor.. igualmente tienes un botón a la derecha "examinar" para buscar la carpeta donde lo tienes ubicado.)

-clickeas en "aceptar" y listo.

opcion2:gnome3...

es igual de simple, haces

-alt+f2 (te abre una barra de comandos)

-escribes "alacarte" te abre un emergente "menu principal"
sigues prácticamente  los mismos pasos...

y enjoy! XD espero que te sirva jejej saludos

no es que sea menos seguro, es que es transparente para el usuario... cada vez que lo inicias, genera otra ruta entre los nodos de tor; eso lo puedes fácilmente comprobar abriendo una solapa apuntando a sitios como miip, vermiip, showmyip etc etc
saludos.