No debe darte problema.
Eso si, si instalas encima del sistema que tengas, perderas ese sistema operativo, solo quedará Ubuntu.
De todas maneras aprovecha para probar que tal funciona aprovechando el live

Creo que tienes un error de concepto, si lo que buscas es instalar Ubuntu en una partición distinta para mantener Windows , lo que quieres es dual booting. Respondiendo a la pregunta original, no, posiblemente la partición que hiciste tiene el sistema de ficheros incorrecto. Si lo que quieres es tener ambos sistemas puedes eliminar la partición, y luego desde el asistente instalar Ubuntu en el espacio sin particionar o eliminar y particionar directamente en la instalación. También puedes volver a 'unir D y C' y dejar que Ubuntu se encargue de todo.

Saludos