Leíste la documentación sobre la instalación en sistemas bsados en unix? Quizás encuentres algo que se te ha escapado.

https://www.dnielectronico.es/PortalDNIe/PRF1_Cons02.action?pag=REF_1110

Tengo el lector y tengo el DNIe, pero tengo la firma caducada... yo antes lo usaba hace años, pero lo tenía instalado en Windows. A ver si mañana que tengo que bajar hacer unas cosas paso por la comisaría y lo renuevo en la máquina, y pruebo instalarlo con el Manjaro en una máquina virtual y así a lo mejor descubro algo o consigo hacerlo funcionar ahí.

Eso si, las configuración será diferente porque seguro que no tenemos el mismo lector, el mio es un cutre Conceptronic CSMARTID, que al menos tiene driver para linux.

No se si lo lograste, pero a día de hoy todavía no he podido porque al pasar por la comisaría e intentar actualizar el DNIE, resulta que no funciona y me han dicho que el circuito de mi DNI está inservible así que tendría que pedir cita y renovar el DNI, algo que probablemente no haré, ya que me queda bastante para que caduque (hasta el 2021) y no voy a gastarme el dinero en esto (gastos de trámite y fotos). Lo siento.