@dvdr: se desfragmenta antes, por que si vas a achicar la otra particion es todo un tema el que tenga que "desfragmentarse" (mover datos) al vuelo ... solo en este caso, si ya tenés particionado todo y ordenadito ... no es necesario ni desfragmentar ni antes ni después ...
se suele pedir desfragmentar por que la gente usualmente "cede" espacio de la partición de windows a la de un sistema GNU/Linux y bueno ... dentro de ese espacio que se cede físicamente puede haber archivos ... hecha la instalación es innecesario desfragmentar, ya que los sistemas están en partes físicas distintas del disco ... y lo que hagas en uno ( mientras no toques la otra partición ) no afecta al otro ...

Y no, para eliminar linux no necesitás desfragmentar, los dos sistemas están en espacios físicos distintos del disco ...

Saludos ...