Yo lo he hecho de dos formas distintas, en tu caso lo añadiría como servicio.
"Programador de tareas": Se ejecuta el comando cuando tu le indiques, la hora el día incluso los minutos. Esto se hace con el crontab, hay muchos manuales por ahí.
Este por ejemplo:
http://www.linuxtotal.com.mx/index.php?cont=info_admon_006Añadirlo a los servicios: con esto conseguirás que se inicie el programa o comando como un servicio mas, con su propia prioridad. Aunque es un poco peligroso lo de la prioridad, ya que si ese programa necesita de otros servicios no iniciados puede darte problemas. Esta opción a mi me ha dado problemas en alguna ocasión, pero en general funciona bien y es mas fiable a mi entender que crontab.
Hay también muchas páginas que lo explican detalladamente, como la que te a puesto Nortis.
Yo usaba estos dos comandos básicamente, en Debian.
Para añadir el script a los servicios con prioridad por defecto:
# update-rc.d nombre_script.sh defaults
Para eliminar el servicio:
# update-rc.d nombre_script.sh remove