Los archivos van a respetar los permisos que tenían originalmente porque vas a seguir administrándolos con Linux pero ahora con 64bits.

Te recomiendo que administres bien los permisos para que no tengas archivos con mucha libertad y tampoco tan restrictivos, los permisos de root son para archivos muy especiales nada más.

no estoy seguro de cual sera la forma de ejecutar el chmod desde la terminal para cambiarle los permisos a todos los archivos dentro de un directorio, pero se me ocurre algo que tal vez te pueda ayudar...

abris la terminal y escribis

gksudo nautilus

(usar el gksudo si usas gnome, kdesudo para kde; en vez de sudo para aplicaciones graficas dentro de la terminal te va a ahorrar un dolor de cabeza algun dia, si haces sudo nautilus puede que al cambiarle los permisos no reaccione bien, no estoy seguro del todo, pero me a pasado de usar aplicaciones visuales asi y de un reboot para el otro al loguear me tira un error de que no puede acceder al archivo .ICEauthority, esto es segun tengo entendido por que el sudo da permisos de root pero usa la configuracion del usuario y se genera un conflicto, en resumen es gksudo nautilus, NO sudo nautilus si vas a tratar de cambiar los permisos asi por las dudas)

ahi te abre el explorador de archivos en modo root;
despues vas a la carpeta y seleccionas todos los archivos que quieras cambiarle los permisos, boton derecho propiedades, vas a la solapa de permisos y podes editar ahi, no te va a dejar cambiarle al usuario al que pertenecen pero podes darle permisos a otros usuarios de lectura y escritura, ademas de hacerlos ejecutables; nunca probe hacerlo pero puede que funcione...

Muchas gracias por la info de los permisos; ambas muy acertadas y completas.