Muy buenas,
antes de nada agradeceros a todos la ayuda con vuestras respuestas.
Al final lo que encontré más adecuado para el caso que presenté fue el comando
hdparm:
hdparm -Np123456 --yes-i-know-what-i-am-doing /dev/sda
N indica que se asigna el número de sectores indicados a continuación.
p indica que dicha asignación sea de manera "permanente".
1233456 sería el número de sectores que quisiéramos que tenga la unidad.
--yes-i-know-what-i-am-doing es un flag de seguridad que utiliza el comando.
/dev/sda sería la unidad a la que le cambiaremos el número de sectores indicados antes.
Con esto se consigue modificar el HPA del disco duro, no formatearlo. Pero después de modificar el Host Protected Area el formato ya se realiza al tamaño equivalente al número de sectores "visibles" (por así decirlo) que se hayan dejado al disco duro.
De nuevo daros las gracias por las repuestas, las cuales anoto para futuras dudas que tenga
Un saludo a todos