Que distro usas?

Acá hay una solución para Ubuntu:

http://masterstux.wordpress.com/2010/02/14/formato-de-bajo-nivel-en-ubuntu/

No sé a qué llamarás formato de bajo nivel ( google define : low level format  && Wikipedia ) , pero es algo que hoy en día le corresponde al manufacturador y no es necesario hacérselo a ningún disco ...
Pero, si *quizás* querés vaciar la partición con ceros, es sencillo :

dd if=/dev/zero of=/dev/DispositivoQueTeInterese

siendo el dispositivoqueteinterese usualmente sda, sdb, etc ... lo que Mardorx te propone con badblocks(8) es similar, pero con un pequeño chequeo de integridad : que se escriba en cada sector del disco valores alternantes que al leerse tienen que dar igual cuando se vuelvan a leer del disco (sino se marca como malo el sector), cosa que naturalmente destruye toda tabla de partición (tampoco necesitás hacer eso para marcar como malos los sectores dañados, aunque si es el caso, te insisto a que apenas puedas, cambies de disco, por que no hay que esperar que dure mucho o poco un disco fallando ... http://foro.elhacker.net/gnulinux/iquestcomo_se_comporta_linux_ante_errores_de_disco-t325059.0.html )

Saludos.