Va, no me habia percatado que es un servidor de un juego. ¿Es un servidor multithread? Realmente tienes un procesador mas que decente, no se que este haciendo tu proceso para estresar el cpu asi. ¿Tienes cargas diferentes en tus otros hosts? ¿Que tipo de Virtualizacion contratas?
Yo empezaria por ponerle un "nice" mas bajo a tu proceso. En lugar de iniciar el proceso como lo estes haciendo usa:
nice -n -19 /ruta/a/servidor/mta-server [args]
Basicamente agregas nice -n -19 antes del comando para iniciar el programa.