Amigo Shitoman si no te guarda las definiciones que quieres no hay otra que no sea->
que no estas guradando / copiando la remaster o el contenido custom que haz hecho y que se guarda en tu /home/user.
por ejemplo tienes un lubuntu en el cual tienes un user llamado -tux
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haz instalado unos icones en /usr/share/icons y los haz definido como escoja o sea que los estas usando, lo que vaas a hacer si quieres que por ejemplo esos iconos salgan en el user futuro de la distro que quieres hacer es simplemente hacer esto -
abrir la carpeta como root por ejemplo
sudo pcmanfm
y copiar - /home/tux - marcar ver archivos ocultos y copiar todo el contenido, te mueves a /etc/skel y lo pones ally.
Solo asi se guardan las definiciones que quieres.
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Yo lo que hago no es usar remastersys para que me haga ese trabajo yo lo hago todo a mano solo uso remastersys para que me genere la ISO en vez de usar otras tools como mklivecd.
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