¡Buenas!
Antes de hacer nada, comprueba, utilizando Google (yo no se como hacerlo pero se que hay mucha información sobre ello), si en el menú del GRUB salta de forma automática Kali, sin darte opción a elegir otro sistema. Si así fuese tendrás que modificar la configuración de GRUB para que te de la opción de elegir el sistema operativo con el que quieres arrancar. Si no es esto prueba lo siguiente.
Si no quieres añadir repositorios ajenos a la propia distro puedes intentar restaurar el GRUB a mano desde kali. Para saber como llama tu sistema al disco duro en el que están los SO tendrás que utilizar, por ejemplo,
sudo fdisk -l. Te saldrá una lista de particiones que a partir de ahora y para seguir con mayor facilidad llamaré
/dev/sdaX con X un número, tendrás que ver como se llaman en tu sistema y adaptar lo que sigue a tu caso. En la última columna te indica el tipo de partición, esto te servirá de guía para saber qué particiones tienen que sistema operativo. El nombre del disco duro sera el de las particiones sin el número final. Por ejemplo si kali está instalado en la partición
/dev/sda2 y windows en
/dev/sda5 el nombre del disco duro sera
/dev/sda.
Ahora reinstalas el GRUB en el disco duro en el que tengas los sistemas operativos:
sudo grub-install /dev/sda
Y actualizas la información del GRUB:
Hasta aquí puedo ayudarte, si el problema no es ninguno de los dos descritos no tengo ni idea de que es lo que pasa.
¡Saludos!