solo para sacarme la duda, si generas un icono de escritorio con esos comandos te abre los programas o pasa lo mismo? con el thunderbird proba ponerle la direccion completa a ver si lo arranca asi /.../.../thunderbird. Con el skype puede que no le guste que le pongas el commando asi, tal vez tengas que poner otra forma de llamarlo o hacer un script ejecutable que lo llame al programa y en aplicaciones de inicio llamas al script.

no estoy seguro si es la forma mas simple de hacerlo... tuve que recurrir a hacer scripts para configurar ciertas teclas por que a la aplicacion keyboard shortcuts no le gustaba que le pida varios comandos a la vez con una tecla aunque ponga && despues de c/u; por eso se me ocurre que tal vez lo puedas solucionar asi...

No uso skype asi que no sabria decirte de forma segura como llamarlo para que arranque asi, sino podes buscarlo en el menu de aplicaciones, lo arrastras hasta el escritorio y te fijas en propiedades que orden usa ahi para ejecutarlo, y probas despues si esa funciona.

para probarlo sin reiniciar la maquina podes reiniciar el gdm nada mas tambien... sudo /etc/init.d/gdm restart
ahi vuelve a cargar todo al iniciar sesion

son solo ideas, no estoy seguro si en ubuntu hay un rc.conf configurable (por lo menos no tiene el mismo nombre) en algun lado como para llamar los daemons al iniciar sesion, tal vez solo con poner su nombre en algun archivo te los cargue tambien...