He visto que en la prensa se refieren a Irán como "Gobierno de Teherán" pero Teherán  es sólo la capital de Irán, porque se dice así y no "Gobierno de Irán", aca en Chile decimos "Gobierno de Chile" y no "Gobierno de Santiago", he buscado en google y no encontré, gracias xD

Gracias, también me dijieron que es netamente la prensa que le coloca esos nombres porque ahí estan centralizados los poderes de irán ,  pero tambien me ayuda tu aclaración , si alguien sabe mas, tambien me gustaría leer, gracias.

Es para que la gente desinformada piense que se trata de una sucursal árabe pro-Al Qaeda 

Por ejemplo:
http://www.lacapital.com.ar/ed_impresa/2012/1/edicion_1162/contenidos/noticia_5071.html

Yo creo que es como cuando dicen de EEUU "desde Washington piensan...", o "La Casa Blanca ha ordenado...", de hecho creo que también se habla del "gobierno de Washington" No?, yo creo que es una expresión para algunos sitios, aunque no sé exactamente si deberá el país o su organización cumplir algún criterio, para que su gobierno sea referido de tal forma.