Mira yo te recomiendo Protel DXP sin duda lo mejor para circuitos complejos permite varios lenguajes, traspaso a pcb de varias capas, infinidad de chips, posibilidad de crear chips y su equivalente en footprint y muchas cosas mas, quizas es un poco complejo pero muy fiable.
existe una version mas moderna en
www.altium.com pero necesita de hardware dedicado. la version dxp ya no la encontraras en la pagina, pero debe andar por ahi, quizas emule te pueda ayudar
saludos