Lo primero es que este post lo podrías haber colocado en el subforo de Java, pero aún así estos son los pasos que deberías seguir:

1º) Leer el texto:
   
    Puedes hacerlo con un BufferedReader y leer una linea completa (en caso de usar esta alternativa al leerla tendrás que comprobar que no excede los 42 caracteres) o también leyendo caracter a caracter hasta que te encuentres un retorno de carro o que se hayan leido 42 caracteres (en este caso podrías ir almacenando los datos en un StringBuffer.

2º) Almacenarlo en una matriz:
   
    Si quieres que el tamaño de la matriz sea el justo para que te quepan los caracteres haces la división del tamaño del String que has leído y lo divides entre 6 (el número de columnas), de esa división redondeas a la parte alta (es decir, si el resultado fuese 6.42 pues tu pondrás 7 filas) y ya declaras un array de caracteres con el tamaño de X filas y 6 columnas. Lo recorres al mismo tiempo que recorres la cadena de caracteres y los metes en el array.

¿Qué debes tener en cuenta? Si el String tiene por ejemplo 16 caracteres tú tendrás un array de 3x6 al intentar insertar las últimas dos posiciones tendrás que tener en cuenta que la cadena ya se ha acabado y por tanto no intentar acceder a una posición incorrecta.

Espero que te sirva.

Saludos.