Supongo que no guardarás nota de aquella decisión que te señaló la directora...
A veces es preferible en vez de hablarlo cara a cara, pasarlo por mail, así cualquier respuesta deja constancia de la discusión y la decisión adoptada.

No se podría descartar que su intención siempre haya sido dejar vacante tu puesto, quien sabe con qué finalidad, y con paciencia (la de un año) lograrlo, y sin dejar pruebas de ello... Si es así, ha sido lista y tu un poco ingenuo.

Te sugiero que hagas una monitorización en tiempo real (graba vídeo con tu móvil), del uso de dicho programa para demostrar la primera parte que es el fundamento de la respuesta (que es lento, no funciona bien o  ni funciona a veces, esto último e sla mejor prueba pués eso por sí solo demuestra la necesidad de usar un sistema alternativo (al menos cuando no funcione)...

...pero siempre te querrán achacar que cuando funcionare deberías haber usado aquél y haber pasado los datos al mismo cuando funcionare... por ahí, pienso yo que podrías tener salida, ya que tu obligación como profesor es mantener la integridad de las notas y el buen funcionamiento de las clases y tal, pero  no te compete arreglar fallos del programa, y que por tanto, cuando el programa falle hacer uso de anotaciones externas al sistema, lo has mantenido, pero lo de pasarlo de vuelta al sistema cuando funcione, no puede ser competencia tuya, pués no eres administrativo . Tu bastante has hehco con cubrir las faltas de alumnos, a pesar del fallo del sistema y en todo caso puedes alegar que estando enterada la directora del asunto (puedes demostrarlo si ella tiene obligación de por ejemplo verificar cada x tiempo que cada profesor pasa a dicho programa las notas (y no una única vez al año al fin del mismo), es ella quien debiera ponerle remedio y solicitar tus anotaciones y entregarlas a los administrativos del colegio para que fuera ellos quienes pasaren dichos datos (tu como no eres el director, no tienes obligación de entregar nada a nadie del colegio para reclamarles que lo hagan, se entiende (pero recalcca) que es tarea de la directora, y toda vez que tu ya hiciste tu tarea... lo que demuestra que guardaste el celo en las tareas que te competen.

En fin, intenta asegurarte poder demostrar que la directora estaba al tanto y no hizo nada al respecto, excepto lo que te dijo y de lo que ahora reniega, que lo dejó todo en tus manos y tu confiaste en alguna solución que al final nunca te dió... y señala la posibilidad de que tal vez su autébntica intención no era ni más ni menos que la situación presente, dejarte en evidencia con alguna incompetencia de tu parte.

En cualquier caso,  si ves peligrar tu puesto de trabajo y no una mera sanción del colegio, te sugiero que te hagas con los servicios jurídicos de un abogado...