Sí se puede pero debes tener cuidado con los términos y condiciones de la compañía. Adsense por ejemplo creo que lo prohíbe, aunque no estoy seguro. Para ahorrarte problemas y malos ratos mejor lee e informate.
 
Saludos

hay un adserver llamado monetizeware que permite publicidad en software. Lo que hacen es darte una url especial para tu cuenta, y utilizando el objeto webbrowser presentas la publicidad. Lo interesante es que puedes utilizarlo  para que muestren publicidad de otros adserver.

Pero ya se ha dicho aqui adsense y otros no permiten su uso en aplicaciones de escritorio por lo que puedes perder su cuenta.

La forma de utilizar el objeto webbrowser esta descrito aqui:

http://monetizeware.com/monblogs/?p=225

Saludos,

Sandro.