Si no puedes cerrar Windows, y no te reconoce el comando shutdown... creo que está clarísimo que ese Windows está infectado.
Yo probaría a pasar algún antivirus online aunque sea, para que compruebe al menos si hay algo infectado, y ya de paso, el CCleaner.
Salu2
P.D: El CCleaner desde luego, para hacer limpieza es mano de santo
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