¡Hola!
Primero que nada, quiero indicarte que no hay servidor original y servidor que usa IP. Ambos servidores son el mismo, nada más que el nombre de dominio (el que no es la IP) es el nombre que tiene el servidor por así decirlo, y la IP es a donde tu computadora se conecta, ya que de otra manera (sin IP aparente) no puede hacerlo. Las IPs son traducidas en dominios por otros servidores llamados DNS.
En resumen, cuando tecleás facebook.com o el dominio de tu VPS, tu computadora lo que hace es "preguntar" a el DNS el dominio que tecleaste, el DNS le da la IP, y se conecta a la IP.

Lo que trato de decir si no lo captaste es que si la IP y el dominio se refieren al mismo servidor, entonces no hace falta referirse a la IP para mayor velocidad.

Un buen uso que se les puede dar a las VPS es la ventaja de la anonimidad.

Obviamente se pueden saber los puertos abiertos del servidor DNS con un programa, pero no sé para qué te serviría, ya que lógicamente no se pueden abrir sin hackearlo para conseguir acceso a él.