cito de la wikipedia lo que es shell
En informática, el término Shell se emplea para referirse a programas que proveen una interfaz de usuario para acceder a los servicios del sistema operativo.
ahora lo de cuentas shell, son cuentas que te dan en algunos servidores para poder acceder a un shell tuya alojada en ese servidor. osea pueses ejecutar comandos que ejecutas en tu ordenador pero en estos casos se ejecutan en el servidor donde esta la shell.
espero no averte enredado mas