hola , por lo que yo se photoshop ,Corel Draw, Illustrator, Freehand , te servirian para hacer el logo, si quieres ver la caja por todos lados utiliza "Auto Cad" , pero para mi es mucho programa para una simple caja de zapatos .
Yo diria que adobe page maker te daria muchas facilidades para los formatos, claro combinando con los que ya te recomendaron para las ilustraciones y dibujos.
Buenas Si lo que tienes que diseñar es el despliegue de la caja puedes usar perfectamente corel ya que te permitira inclusive llevar el diseño a una imprenta para que hagan el troquel y corten el material en bruto. Con despliegue me refiero a la caja desarmada y en 2 dimensiones. Puedes hacer la prueba de hacer una impresion y armar la caja previamente para ver si se obtiene el resultado final que deseas. Definitivamente photoshop solo te servira para diseñar el logo o imágenes que puedas imprimir. Para hacer el desarrollo de una caja o de cualquier otra cosa debes usar algo mas tecnico, como corel o auto cad No concuerdo con que auto cad sea mucho para una simple caja de zapatos, ya que en esta herramienta pueden incluirse parametros como espesor del material a usar, tamaños, fuerza, resistencia, etc. Sin duda son importantes a la hora de lograr un producto que NO SE ROMPA. Espero haber sido de ayuda. Saludos