Para ello debes implementar url routing con php. Pero hay un pequeño problema, ya no podrás usar el indexamiento de apache, osea navegar por las carpetas (por ejemplo website.com/css/sytles.css), por lo que tendrás que crearte un subdominio para servir el contenido estático. Lo bueno es que es más seguro.

Yo lo tengo de la siguiente manera:

página principal y si tienes subdominios que requieran esto también:

<IfModule dir_module>
    DirectoryIndex index.php
</IfModule>
 
<IfModule mod_rewrite.c>
    RewriteEngine On
    RewriteBase /
    RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
    RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
    RewriteRule ^index\.php$ - [L]
    RewriteRule . index.php [L]
</IfModule>

Y para el subdominio estático (yo lo llamo static.website.com):

<Files *>
    SetHandler default-handler
</Files>
 
<IfModule dir_module>
    DirectoryIndex index.html
</IfModule>
 
<IfModule mod_headers.c>
    SetEnvIfNoCase Origin: "https?://(www\.)?(website\.com|subdominio\.website\.com )(:\d+)?$" ACAO=$0
    Header set Access-Control-Allow-Origin: "%{ACAO}e" env=ACAO
    Header set Access-Control-Allow-Methods: "GET"
</IfModule>

Lo primero es sencillo de entender, lo que hace es redirigir todas las peticiones al index.php, que ahora es el router (en lugar de apache, por eso ya no funcionará website.com/css/styles.css).

Lo segundo lo que hace es: primero desactiva php (no se necesita) y activa CORS para que se puedan hacer peticiones get para cargar los archivos estáticos (ya sean imagenes, javascript, css, etc...). Donde dice website lo cambias por el nombre de tu web y donde dice subdominio por el nombre de tu subdominio.

Esa era la configuración de Apache, ahora viene la parte de programación PHP. Esto ya lo he explicado anteriormente, te dejo un enlace: http://foro.elhacker.net/php/incluir_metadatos_de_forma_dinamica-t454368.0.html;msg2077138#msg2077138 Aquí explico en detalle como hacerlo, cualquier cosa que no entiendas no dudes en preguntarlo, eso sí, ordenadas una por una las dudas y no todas juntas

Pues yo tampoco tengo ni idea de como funciona una calculadora por dentro  Hice (en su dia) calculadoras en C, alomejor así es como funcionan, un script, ni idea.

Uso mi propio framework, empecé a programar por mi cuenta y me gusta conocer el código que uso en mis aplicaciones. Para eso no hay nada mejor que hacerlo todo tu mismo. ¿Reinventar la rueda? Sip (o no, como se mire  ), pero no me importa, así voy aprendiendo cada vez más y más y haciendo mi código más seguro.

Sé lo que significa "bajo nivel" en lo referente a lenguajes de programación y su relación con el hardware, pero PHP es un lenguage de nivel alto y no tiene comunicacion alguna con el hardware, ¿a que te refieres entonces?

Aunque creo que te refieres a lo ultimo que has comentado, código que no conoces ejecutandose... Y para leerme el framework entero prefiero mantenerme informado sobre seguridad y aplicarla yo mismo a mi propio código.