Buenas,

No logré entender bien que pasa... si puedes compartir una imagen.

De igual modo prueba:

.derecha{
 float: left;
}

Comprueba si está dentro de la clase en la parte superior izquierda.

Saludos.

Prueba así:

<section>
  <article>
    <embed src="pdf/cv.pdf" class="cv">
  </article>
 </section>
 
 <aside>
   <p>Esto es una prueba</p>
 </aside>

aside{
 position: fixed;
 top: 20px;
}
.cv{
 margin-top: 5px;
 height: 760px;
 width: 800px;
 text-align: center;
}

Y si no funciona, prueba de esta otra forma:

<section id="derecha">
 
 <aside >
   <p>Esto es una prueba</p>
 </aside>
</section>

aside {
 position: fixed;
 top: 20px;
}

Prueba y coméntanos.

Saludos.

El elemento aside por defecto se considera un elemento aparte por tanto los browsers lo muestran con un display:block. Lo mismo pasa para section y article.  Deberías aprender el uso de estilos tablas en CSS, te vienen muy bien para estos casos.

Un ejemplo.

CSS

/* Covertir section en table */
.cv { display: table; }
 
/* Los mostramos como celdas y les damos
vertical align top */
.archivo, .derecha {
    display: table-cell;
    vertical-align: top;
}
 
.archivo embed {
    width: 800px;
    height: 700px;
    margin-top: 7px;
}

HTML

<section class='cv'>
    <article class='archivo'> <embed src='cv.pdf'> </article>
    <aside class='derecha'> <p>Esto es una prueba</p> </aside>
</section>

Saludos

Si es cierto, lo de los porcentajes no del todo (solo se suele usar para el width) y casi siempre se restringe el maximo con pixeles. Como por ejemplo:

.mi-div {
    width: 100%;
    max-width: 700px;
}

En ese caso, el div se adaptara al tamaño de la ventana pero si esta supera los 700px de ancho, no seguirá alargándose.

Los media-queries son muy importantes pues son los que te permiten manejar la posición y el contenido en general dependiendo del tamaño de la pantalla. normalize esta muy bien para que el código CSS se vea de la misma forma en todos los navegadores ya que predefine las reglas básicas que traen los navegadores. Modernizr es útil solo si buscas compatibilidad con navegadores obsoletos.

En todo caso, te recomiendo que hagas hilo a parte para preguntar sobre esas cosas.

Saludos