Si lo que quieres es que tu función sea configurable, hay un montón de formas de hacerlo. Por ejemplo puedes poner cosas con "data":
//valor inicial
$('.button').data('dato', '1');
//Lo usas así
$(".boton").click(function()
{
var dato = $('.button').data('dato');
alert(dato);
});
//Y si quieres cambiar el dato:
$('.button').data('dato', tuvaloraaqui);
Por supuesto también puedes usar objetos o funciones o lo que sea.
Si tu pregunta es, si puedes cambiar el valor de una variable local a una función con algún código en javascript, eso no se puede hacer. A lo mucho el runtime te permite pausar y quizás hacer cambios sobre el entorno de ejecución actual, pero nada que puedas hacer desde otro script o modulo.