Pues la verdad, yo nunca me especializo en ninguna herramienta simplemente si sabes php, ya te vuelves experto de forma rápida . Saludos

Sí merece la pena. Para crear webs de venta es muy utilizado y es de código abierto. Yo creo que un CMS apoyado por una gran comunidad requiere mucho menos trabajo que programar directamente en PHP y te facilita muchísimo las cosas. Crear una web de venta online directamente en PHP similar al resultado final de Prestashop, no es nada sencillo y te arriesgas a futuros posibles fallos de seguridad que tú puedes desconocer (estamos hablando de una web de venta!). Un CMS suele estar corrigiendo los fallos de seguridad periódicamente.

Con Joomla, por ejemplo, se suele usar Virtuemart. Hay muchas opciones, hace unos años era muy utilizada Magento, ahora no lo sé (la tendencia en Google se mantiene).

Busca en Internet: CMS tienda online
y tendrás muchas opciones.

Mira las tendencias de Prestashop vs Magento: https://www.google.es/trends/explore?date=all&q=magento,prestashop

MI humilde opinión:

Presta tiene de base PHP y POO, si manejas este lenguaje y manera de programar, puedes hacer grandes cosas con este CMS, siempre que lo que busques sea una plataforma robusta de ecommerce, y no solo "Gestión de contenidos" que para eso a mi lo más práctico me parece Wordpress.

En presta la curva de aprendizaje en cuanto a estructura-jerarquia de archivos etc es moderada si como te decia manejas los conceptos anteriores, y la escalabilidad, mediante la modularidad que integra, es buena.

Tiene una comunidad muy amplia y está orientado, como dicen otras respuestas, al Ecommerce, con funcionalidades muy buenas y potentes en este sentido.