Yo miraría mas bien en el footer.php aunque no se como estará estructurado tu theme.


Quita el margin, el position y el index.... y vuelve a leerte algun manual de CSS  

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Vale, al parecer el #main no es el wrapper . tendrías que re colocar el div de transparencia. Colocalo justo después de abrir el #wrapper y ciérralo justo antes de cerrar este ultimo.


Saludos