Yo he utilizado el glassfish como un plugin de Eclipse JEE. Si te sirve avisame y te pongo los pasos de instalacion

Suponiendo que se ha descargado el glassfish y se ha instalado el plugin GlassFish Tools para Eclipse, lo siguiente que hay que hacer:

• Crear un nuevo Server
• En la configuración del server, en el campo "Server root" o "Glassfish server directory" hay que poner la ruta del glassfish:
  /home/xxxx/glassfish4/glassfish (ejemplo linux)
  C:/glassfish4/glassfish (ejemplo Windows)
• En el campo hostname: localhost (para cuando queramos acceder al servidor desde un navegador, habrá que indicarle este nombre o el que se le haya puesto)
• Indicar nombre de usuario, password y puerto donde estará el servidor.
• Seleccionar el JDK que se quiera utilizar (hay que tenerlo instalado obviamente)
• Listo!

** Quizá el orden de los puntos sea diferente, pero al final habrá que configurar todo lo dicho.

Para acceder al servidor, con cualquier navegador:
localhost:8080


No hay mucho más que configurar con Eclipse :S como mucho puedes decir que haga un deploy del código automáticamente cada X segundos o cuando guardes los cambios en el código.

Espero que te sirva de algo y sino cuéntanos que pasos sigues tu a ver si te puedo ayudar o te puede ayudar alguien más.

Saludos.

aaahhhhh     fallo mio.


Te dejo este enlace por si casualidades de la vida no has dado con el:
Glassfish

ojala te sirva...
Dame más info a ver si se me ocurre que puede ser.