Si quieres utilizar un archivo con javascript, sí o sí va a tener que ser visible. Otra cosa es que ofusques el código, por ejemplo.

Puedes ofuscar el javascript. Con eso consigues que poca gente pueda llegar a entenderlo. Otra cosa, no sé.

Usa una licencia y así quizá lo piensen más. Además, no puedes garantizar el funcionamiento correcto del JS si está estrictamente ligado al DOM (a tu estructura).

Por otro lado, puedes ofuscar el código con alguna otra herramienta que sea más difícil hacerle inversa.