normalmente programas como ghostery (el ad block que yo uso) lo que hace es cargar en el header y si algo en el body o en los scripts son de paginas marcadas como no permitidas, los vuela y evita que se abran las conexiones...

el fin de estos programas no es ocultar publicidad, sino aumentar la velocidad de carga de la pagina

Segun tengo entendido Google tiene diferentes tipos de modelos de paga, así que dependiendo del modelo que hayas elegido, te puede afectar más que otros.

Si la publicidad es por PPC (pago por click) te olvidas de generar ingresos de los usuarios que lo lleven instalado. Si la publicidad es tipo PPI (pago por impresión) entonces quizás puedas llegar a generar ingresos dependiendo de como funciona el algoritmo que la muestra.

En el caso de Adsense de Google, pierdes porque que yo sepa solo es ppc. De todos modos hay diferentes tipos de plugins, por ejemplo el AdBlock Plus (el mas usado actualmente) por defecto muestra publicidad no intrusiva (solo texto) y aunque puede llegar a afectar seriamente tus ingresos no los elimina del todo como otros (NoScript por poner un ejemplo).

El caso es que es un tema serio y de largo debate, muchas paginas han dejado de ser beneficiosas desde que se pusieron de moda estos complementos.. por una parte están mal ya que obligan a los dueños a pasar a otras estrategias como "publi reportajes", cobrar a sus visitantes o incluso intentar detectar dichos complementos y dejar de ofrecer contenido al usuario hasta que deshabiliten... Por otra parte están bien porque se cargan toda esa bazofia de publicidad (que da ganas de suicidarte) ... que meten algunas paginas.

En todo caso, afecta (y seriamente) si tus ingresos están basados en PPC/PPI. Si cobras por referidos entonces no deberías tener gran problema. Hay métodos también para evitar que bloqueen la publicidad pero son primitivos o mas bien es cosa de jugar al gato y al ratón.

Saludos

Ghostery es para no permitir sitios third party. drvy y WHK ya lo aclararon bien.