No consigo entender bien tu pregunta, pero bueno, lo único que se me ocurre, es que añadas un panel de logueo mediante php que tome la información de una base de datos, y en función de si está registrado o no, permitir su acceso a la web del pdf.

Puedes permitir su acceso, creando por ejemplo una cookie con un nombre determinado y en la página que aloja el pdf, comprobar si existe dicha cookie, obviamente puedes hacer lo mismo mediante sesiones, cosa que te recomiendo antes que las cookies .

Un saludo