Insertar contenido directamente desde apache hasta donde yo se no es posible.

Lo que si puedes hacer es usar el auto_append_file y auto_preppend_file de PHP en un htaccess bajo el php_value.

auto_append_file -> Inserta contenido después del final del otro archivo.
auto_prepend_file -> Inserta contenido antes del principio del otro archivo.

De ser así, si por ejemplo en el httpd.conf ponemos esto:

<Directory "C:/localhost/hosting">
	# Tipico .. xD
	Options Indexes FollowSymLinks
	AllowOverride None
	# Esto lo añado para que afecte tambien a archivos .html y .htm
	# ya que by default afecta solo a .php
	AddType application/x-httpd-php .html .htm
	# la magia xD
	php_value auto_append_file "C:/localhost/header.php"
</Directory>

Suponiendo que C:/localhost/hosting es donde van a estar los archivos del hosting y el usuario normal no tiene acceso a carpetas/archivos superiores.. C:/localhost/footer.php seria el archivo que contendrá la información que nosotros queremos insertar.

Supongamos que footer.php tiene lo siguiente.

<?php die('hola');?>

Y ahora voy a C:/localhost/hosting y creo un archivo al que llamare index.php con el siguiente contenido:

<?php echo 'kkk'; '>

El resultado seria:
kkkhola

Porsupuesto, esto seria un lio.. si lo añades al principio le puedes joder algo y si lo añades al final = te hace un die antes de terminar y te cagas en el ... xD

Si se me ocurre algo mejor te comento xD

EDIT:

Igual mod_sed te sirve.
Supuestamente es experimental asi que no se si el hosting lo tendrá activado/instalado.. eso tendrás que mirarlo.

Mas info: http://httpd.apache.org/docs/trunk/en/mod/mod_sed.html

Ejemplo:

<Directory "C:/localhost/hosting">
  # Tipico .. xD
  Options Indexes FollowSymLinks
  AllowOverride None
  # Esto cambia </body> por WTF</body>
  AddOutputFilter Sed php html htm
  OutputSed "s/<\/body>/WTF<\/body>/g"
</Directory>

Saludos