Hay varias cosas mal y otras que sobran, Aquí tienes:

@echo off
Title Renombrar extensiones de archivos
 
for %%i in (*.m4r) do (
	REM Echo [+] %%~fi & Echo %%~dpni.m4a | MORE
	ECHO [Renombrado]: %%~nxi ^> %%~ni.m4a
	REN "%%~fi" "%%~ni.m4a"
)
pause>nul

saludos

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Si quieres mostrar o usar la variable filename como intentabas, usa call y un simbolo de porcentaje extra:

For... (
    Call Echo %%FILENAME%%
    Call RENAME "%%FILENAME%%"
)
 

O habilita la expansión de variables.

Setlocal enabledelayedexpansion
For... (
    Echo !FILENAME!
)

En la linea de comentario "REM" simplemente te daba un ejemplo de como expandir a la ruta completa del archivo porque tu lo estabas intentando con "%~dp0"
"NX" expande al nombre y extensión del archivo, No es suficiente a menos que el FOR recorra subdirectorios con el parámetro "\R", en el cual nisiquiera sería necesario expandir a un nombre o ruta, bastaría con usar la variable en sí misma "%%i"

Exacto sinó no las reconocería.

Si intentas ejecutar un FOR directamente desde la consola entonces solo debes usar un simbolo %.

EDITO: hmmm ahora que vuelvo a leer tu pregunta creo que te estabas refiriendo a la variable "%%FILENAME%%" es por lo mismo, por la recursividad, si.

Saludos

Para eso estamos

Saludos.