Pero ese archivo, pesa 2,5 gigas, y no 10mb como dice el documento...
COmo ya te habras enterado, sino especificas ningun tipo de configuracion al motor InnoDB en my.inf se generara por defecto ese archivito ibdata1 inicialmente por defecto tiene un tamanio de 10MB pero es autoextensible... que significa esto? significa que cada vez que creen tablas bajo el motor InnoDB y vayan insertando registros y registros y registros... el archivo como es autoextraible ira agrandando
en este caso, tenian una o varias tablas bajo InnoDB que toda su data y indices ocupaban 2.5 GB
Eliminar el archivo fisicamente seria perder todas las tablas InnoDB que puedas contener, si gustas puedes hacer un mysqldump de un esquema completo junto a sus tablas, que sean InnoDB y ya finalizado, eliminar ibdata1, y los 2 archivitos logs de este, reiniciar el motor y ya reiniciado pos montar el dump previamente hecho
para que se autogenere nuevamente ibdata1 pero de menor tamanio.