Hola amigo.
en essta liga viene informacion relacionada a tu pregunta.
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/es/innodb-configuration.html
saludos

COmo ya te habras enterado, sino especificas ningun tipo de configuracion al motor InnoDB en my.inf  se generara por defecto ese archivito ibdata1 inicialmente por defecto tiene un tamanio de 10MB pero es autoextensible... que significa esto? significa que cada vez que creen tablas bajo el motor InnoDB y vayan insertando registros y registros y registros... el archivo como es autoextraible ira agrandando    en este caso, tenian una o varias tablas bajo InnoDB que toda su data y indices ocupaban 2.5 GB 

Eliminar el archivo fisicamente seria perder todas las tablas InnoDB que puedas contener, si gustas puedes hacer un mysqldump de un esquema completo junto a sus tablas, que sean InnoDB y ya finalizado, eliminar ibdata1, y los 2 archivitos logs de este,  reiniciar el motor y ya reiniciado pos montar el dump previamente hecho para que se autogenere nuevamente ibdata1 pero de menor tamanio.

Un comando no, si quieres reducirlo (pero deberia dejar de existir este que tienes porke tiene datos). Tienes que generar uno nuevo, eliminando el que esta... para crearlo reducido o del tamano que gustes... edita my.ini en tu Windows buscate donde diga:

innodb_data_file_path = ibdata1:10MB:autoextend

edita eso a tu gusto...

Creo que lo he encontrado..

pero mira lo que estoy leyendo:

# The default storage engine that will be used when create new tables when
default-storage-engine=INNODB

Eso es para que la tabla predeterminada a crear sea INNODB???!!?!?!

Como puedo hacer para ver el tipo de tabla? (ya estando dentro de la database.. por linea de comandos)

Para cambiar ese comando a MyISAM, simplemente escribo MYISAM?