Hasta donde sé el mismo phpmyadmin muestra cierta cantidad de filas por pàgina, despuès de eso utiliza la paginaciòn.
EDITO:
Pff que he vuelto a errar por 3a vez en esta semana en el foro.
Pero es algo parecido a lo que te digo, lo que hace phpmyadmin es ir segmentando sus resultado para mostrarte uno solo.
En realidad no estoy seguro si se pueda modificar el limite.
Por que intenté con una consulta de intenté con una consulta de 4 mil registros y se colgó despues la bajé a 3 mil no mostro todos pero si la gran parte.
La solución para que no se cuelgue es modificar el php.ini
lo modifique a
Ejecuté nuevamente la consulta.
Entonces en conclusión más que un límite de filas depende del limite de memoria otorgada para mostrar los resultados.
Saludos.