Vas a embeber la BBDD dentro de tu aplicacion    (Entiendo que quieras hacer esto para hacerlo completamente portable sin necesidad de instalar librerias extras en la PC que usara la aplicacion pero.... sera enorme  ).

Ahora sobre tu pregunta, siempre y cuando la BBDD abra su respectivo puerto TCP/IP y se ejecute como servicio, sera posible para el jdbc interactuar con la misma, lo que no puedo hacerte referencia es el desempenio que esto finalmente va a realizar...tendrias que utilizar un Benchmarking para ello, pero no creo que sea tu preocupacion por el momento.

Ahora tu otra pregunta es como embeber la BBDD en tu aplicacion? deberas inicializar esta pregunta en el Subforo de Java que existe en el subforo de Programacion General. Pero recuerda, si la BBDD aun estando embebida no se ejecuta como servicio ni abre su respectivo puerto, el jdbc remoto no podra hacer nada para conectarse.