¿En qué hiciste el instalador?
Yo recuerdo haber hecho esto con Nullsoft Installer, pero igual el concepto te servirá para otros instaladores:
ExecWait '"msiexec" /i "C:\Ruta\mysql-5.5.19-win32.msi" /qn'
Eso ejecuta el instalador en modo silencioso y sin UI (/qn) Luego puedes usar MySQLInstanceConfig para configurar MySQL:
ExecWait '"C:\Archivos de programa\MySQL\MySQL Server 5.5\bin\MySQLInstanceConfig.exe" -i -q ServiceName=MySQL RootPassword= ServerType=DEVELOPMENT DatabaseType=MYISAM Port=3306 RootCurrentPassword=mysql'
Más info en:
https://technet.microsoft.com/es-ec/library/cc759262(v=ws.10).aspx?f=255&mspperror=-2147217396https://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/mysql-config-wizard-cmdline.html